体外受精による体の負担や経済的・時間的負担を考えると、万全の体調でない周期に治療を行うのはあまりお勧めできません。
特に高熱を出したような時は、卵子の場合も精子の場合も、タンパク質が熱変性を起こし、質が落ちている懸念があります。
少し残念ですが、長い目で見れば次の機会までの間に体調を快復させることを優先した方が良い結果に結び付きやすいのではと思われます。